在防伪税控系统税务端和企业端，纳税人识别号作为一个企业的标识，不能在系统中直接修改。因此修改纳税人税号，在防伪税控系统中的操作流程是先对旧税号进行注销操作，再对新税号进行初始发行操作。具体操作流程如下：

一、 旧税号的注销操作步骤

1. 企业确认已开具发票全部已上传完成。

2. 未开具空白发票退回

（1）企业进入开票系统中，对所有未开具发票进行退回操作。

（2）持含退票信息的金税盘，到发票发售窗口，进行发票退回操作。

3. 注销报税

（1）企业持金税盘，到企业发行窗口进行“修改时钟授权”操作。

（2）企业持有修改时钟授权的金税盘，进入开票系统，将金税盘时钟修改为下月1日。

（3）修改金税盘时钟后，进入开票系统，进行报税厅抄税。

（4）企业持已抄税金税盘，到办税大厅的报税窗口进行“注销报税”操作。

4. 企业持已报税金税盘，到企业发行窗口，进行“数字证书/注销证书”操作，将旧税号的数字证书注销掉。

5. 企业持金税盘到企业发行窗口，使用“维护授权”菜单，对企业金税盘进行解锁操作。

6. 到企业发行窗口，进行“注销发行”操作。